À l’occasion de la sortie de l’édition 2026 du Panorama sur la qualité de vie au travail et la santé des agents dans les collectivités territoriales, nos experts Relyens décryptent les taux d’absentéisme dans la fonction publique territoriale pour raison de santé en 2025.
Reposant sur 25 années d’observation continue des risques liés à la santé au travail, ce décryptage des absences permet d’en identifier les causes structurelles. Un outil édifiant pour comprendre les grandes tendances actuelles entre vieillissement de la masse salariale, absences de plus en plus longues et coûteuses et nécessité d’accompagner les agents pour faire face aux enjeux de demain.
Quelles sont les grandes tendances de l’évolution de l’absentéisme dans la fonction publique territoriale ?
Dans la continuité de la tendance observée en 2024, le taux d’absentéisme dans la fonction publique territoriale en 2025 se caractérise par des absences qui durent de plus en plus longtemps. Toujours d’actualité, le vieillissement des agents, davantage soumis aux risques psychosociaux, aux maladies chroniques et aux troubles musculosquelettiques impacte nettement la progression des absences en maladie ordinaire.
Depuis plus de 25 ans, le Panorama Qualité de vie au travail et santé des agents dans les collectivités territoriales constitue le baromètre de référence de la Fonction publique territoriale. Fondé sur les données de près de 475 000 agents affiliés à la CNRACL au sein de 16 300 collectivités territoriales, le Panorama 2026 offre un état des lieux précis et représentatif de l’année 2025.
La hausse de la gravité des absences : une tendance forte
Entre 2014 et 2025, l’absentéisme au sein de la fonction publique territoriale a été marqué par des arrêts moins fréquents, moins d’agents exposés, mais une hausse de la gravité des arrêts enregistrés.
Pour rappel, ce que nous entendons par gravité des arrêts est la durée des absences sur une période donnée. Pour en savoir plus sur le mode de calcul de la gravité des absences, vous pouvez consulter notre vidéo explicative.
| Evolution 2014/2025 | Maladie Ordinaire | Longue maladie / longue durée | Accident du travail | Absences globales |
|---|---|---|---|---|
| Gravité | +75% | +22% | +38% | +52% |
| Fréquence | -27% | -18% | -14% | -25% |
| Exposition | -13% | -3% | -11% | -15% |
| Taux d’absentéisme | +29% | +1% | +16% | +12% |
Globalement, les durées d’absence pour raison de santé ont progressé de 52 % entre 2014 et 2025. Elle s’explique notamment par le poids des longues maladies et des absences de longue durée, qui touchent particulièrement les agents les plus âgés au sein de la fonction publique territoriale.
Si les arrêts sont en moyenne plus longs, leur fréquence est en baisse de 25 % sur la même période, tandis que l’exposition chute de 15 %.
Bon à savoir
Si les agents ne sont pas plus nombreux à s’absenter, ni plus souvent absents, ils le sont en revanche pour des durées d’arrêt plus longues. Anticiper et gérer la gravité des absences constitue l’enjeu majeur pour les collectivités territoriales en matière de santé au travail.
En deux mandats, la durée moyenne d’arrêt a augmenté de 52 % et atteint 56 jours en 2025. Là encore, il faut y voir la conséquence de deux phénomènes : des agents de plus en plus âgés, et des arrêts qui durent plus longtemps quand ils concernent des agents de plus de 50 ans.
Le taux d’absentéisme dans la fonction publique territoriale : nature des absences en 2025
En 2025, on compte 49 arrêts pour 100 agents employés, tous types d’absences confondus, contre 54 en 2024 (+5% en un an). En revanche, la fréquence des arrêts est en baisse pour toutes les natures d’absences entre 2014 et 2025 :
- -25 % au global
- -27% en maladie ordinaire
- -18% en longue maladie/longue durée
- -14% en accident du travail
Dans la fonction publique territoriale, le volume d’arrêts est largement porté par la maladie ordinaire : elle représente 5,2 % du taux d’absentéisme et 80 % des arrêts, et concerne 74 % des agents absents.
Les autres natures d’absences sont largement inférieures en nombre : cumulés, les accidents du travail et les congés de longue maladie/longue durée génèrent moins de 5% des arrêts.
Focus sur les arrêts longs en 2025
En 2025, la durée moyenne d’un arrêt atteint 56 jours, soit 3 jours de plus qu’en 2024, toutes natures d’absences confondues. Depuis 2014, on note aussi une hausse de 52 % de la gravité globale des arrêts.
Tableau – Répartition des absences en maladie ordinaire selon leur durée en 2025
| Pourcentage d’arrêts | Pourcentage de jours d’arrêts | |
|---|---|---|
| 1 jour | 3,8 % | 0,1 % |
| 2 jours | 7,4 % | 0,4 % |
| 3 à 7 jours | 30,2 % | 4 % |
| 8 à 15 jours | 16,8 % | 5,5 % |
| 16 à 90 jours | 31,5 % | 37 % |
| 91 à 180 jours | 6,6 % | 24,1 % |
| 181 à 365 jours | 3,7 % | 28,9 % |
Du côté des maladies ordinaires, les absences de plus de 15 jours représentent 41,8 % des arrêts et 90 % des jours d’arrêts.
Bon à savoir
En 2025, le taux d’absentéisme s’établit à 9,8 %, un chiffre stable par rapport à 2024 mais en progression de 12% sur 10 ans. Concrètement, sur une collectivité de 100 employés, il correspond à l’absence continue de 10 agents tout au long de l’année.
Depuis le 1er mars 2025, les arrêts de 2 à 90 jours sont indemnisés à 90 % au lieu de 100 %. Une perte de rémunération qui a eu un impact sur la décision de poser un arrêt, mais qui n’a pas empêché l’allongement des absences. Avant cette réforme, le nombre d’arrêts de maladie ordinaire était déjà en baisse de 27 %, tandis que leur durée était en hausse de 75 %.
Bon à savoir
On constate également une hausse des coûts moyens des absences de longues durées et longues maladies. Depuis 5 ans, en lien avec l’allongement de la gravité, le coût journalier moyen des indemnités versées a progressé pour l’ensemble des risques : + 13 € en longue maladie, + 16 € en longue durée, + 6 € en maladie ordinaire, + 5 € en accident du travail.
Les absences peuvent être réparties en trois grandes familles
- Les absences de courte durée, entre 1 et 7 jours (41,4 % durent moins de 8 jours).
- Les arrêts de 8 à 15 jours concentrent 16,8 % des absences, et représentent seulement 5,5 % des jours d’absences.
- Les arrêts de plus de 15 jours, en revanche, représentent 41,8 % des arrêts et 90 % des jours d’absence.
- À eux seuls, les arrêts de plus de 90 jours représentent 53 % des jours d’arrêt.
- Ce dernier point plaide en faveur d’une couverture de prévoyance complémentaire pour protéger les agents des impacts financiers de la bascule à demi-traitement après 90 jours.
Bon à savoir
La prévoyance complémentaire, bien que souvent interprétée comme une couverture liée à des pathologies longues, concerne aussi la maladie ordinaire. Cette dernière concentre près de la moitié des jours d’absence indemnisés et les trois quarts des agents absents.
Absences de longue durée et limite statutaire
En 2025, un congé de longue maladie compte en moyenne 246 jours d’absence sur l’année. Dans les faits, la durée moyenne cumulée de ce risque s’élève à 706 jours pour un plafond statutaire de 3 ans, soit 1095 jours.
Une longue maladie sur cinq atteint cette limite maximale de 3 ans, et un congé de longue durée sur quatre atteint le plafond statutaire de 5 ans.
| Durée des arrêts selon leur nature | Durée moyenne en 2025 | Durée moyenne du risque | Durée maximale du risque |
|---|---|---|---|
| Maladie ordinaire | 37 | 32 | 365 |
| Longue maladie | 246 | 706 | 1095 |
| Longue durée | 304 | 1093 | 1825 |
| Accident du travail | 76 | 61 | – |
Ces données s’expliquent par la nature des pathologies lourdes qui nécessitent des traitements plus longs et plus conséquents, tout en rendant le retour au travail plus difficile.
Âge et taux d’absentéisme dans la fonction publique territoriale
L’âge moyen dans la fonction publique territoriale est de 46 ans : une donnée supérieure à l’âge moyen observé au sein des autres fonctions publiques ou du secteur privé. Par ailleurs, 58 % des effectifs ont plus de 45 ans, une information qui, couplée avec le recul de l’âge de départ à la retraite, a un impact direct sur le taux d’absentéisme et la durée des absences.
Bien que les agents plus jeunes s’absentent plus fréquemment, ce sont les agents plus âgés qui connaissent les arrêts les plus longs. La gravité des arrêts augmente largement entre les agents de moins de 25 ans (27 jours) et ceux de 55 ans et plus (69 jours). Les logiques de prévention doivent donc s’adapter à la réalité de chaque catégorie d’âge.
A lire aussi : Le demi-traitement : un impact croissant sur l’absentéisme dans la fonction publique
Le taux d’absentéisme de la fonction publique territoriale expose plusieurs constats
- Les collectivités font face à une population marquée par le vieillissement de ses effectifs combiné à des métiers avec une forte usure professionnelle.
- Il est plus que jamais nécessaire d’anticiper et d’agir afin de sécuriser à long terme la délivrance des missions d’intérêt général que portent les acteurs territoriaux.
Relyens accompagne les collectivités dans leur maîtrise des coûts d’absence, en proposant des solutions d’assurance statutaire personnalisées, associées à des services d’analyse, de prévention et de gestion du risque d’absence.
