Le taux d’absentéisme constitue aujourd’hui un enjeu majeur pour les employeurs publics, tant sur le plan financier que sur la continuité du service public. Longtemps abordé sous l’angle du nombre d’absences, il doit désormais être considéré sous l’angle de sa fréquence, de sa gravité et de l’exposition des effectifs, afin de mieux identifier les risques à l’origine des absences.
Dans un contexte marqué par le vieillissement des effectifs, l’allongement des carrières et la progression des arrêts de longue durée, le coût de l’absentéisme dans la fonction publique tend à s’accroître. Il pèse durablement sur les budgets des collectivités et des établissements publics, tout en mettant sous tension les organisations et les équipes.
À la lumière du Panorama Qualité de vie au travail & santé des agents dans les collectivités territoriales Relyens 2026, focus sur l’absentéisme pour raisons de santé au sein de la fonction publique, ses principales causes, ses conséquences sur l’organisation des services et son impact économique.
Depuis plus de 25 ans, le Panorama Qualité de vie au travail & santé des agents dans les collectivités territoriales constitue le baromètre de référence de la Fonction publique territoriale. Fondé sur les données de près de 475 000 agents affiliés à la CNRACL, le Panorama 2026 fournit une lecture unique, basée sur l’année 2025.
Les différentes mesures de coût de l’absentéisme
Le coût de l’absentéisme ne se limite pas seulement aux dépenses liées aux absences. Il demande à la fois d’absorber les coûts directs (rémunération, indemnisation) et les effets indirects sur le fonctionnement des services.
Pour en comprendre les impacts, l’analyse économique des absences repose sur des indicateurs précis, permettant de mesurer la fréquence, la gravité et l’exposition aux absences. Ces indicateurs de mesure des absences au travail constituent un socle essentiel pour piloter l’absentéisme dans la durée.
A noter
De plus, toutes les absences n’engendrent pas le même niveau de frais. Si les arrêts courts pèsent individuellement moins, leur répétition peut générer des désorganisations importantes et des coûts indirects importants. À l’inverse, les arrêts longs concentrent des impacts financiers plus élevés et contribuent fortement à l’augmentation du coût de l’absentéisme dans la fonction publique.
Quel est le coût moyen par agent employé en 2025 ?
2 455 €
coût moyen annuel par agent employé
Toutes natures d’arrêts confondues, la maladie ordinaire en concentre près de la moitié (1 175 €), portée par l’allongement des durées d’absence. Le solde se répartit entre la longue maladie/longue durée (675 €), les accidents du travail (466 €) et la maternité (138 €).
En moyenne, le coût de l’absentéisme dans la fonction publique s’élève à 2455 € par agent employé en 2025, toutes natures d’arrêts confondues (maladie ordinaire, maladie longue durée, accidents du travail et maternité). Ce coût moyen rapporté à l’effectif d’un établissement permet d’exprimer le coût global des absences pour une année.
Le coût moyen par agent employé comprend les charges patronales, mais est calculé hors frais médicaux en accident du travail.
La maladie ordinaire représente la majeure partie des coûts, et son évolution est accentuée par la gravité des absences (durée). En effet, plus les absences sont longues, plus les coûts directs sont importants. De plus, ces frais peuvent également être majorés selon l’ancienneté et l’échelon des agents.
Des chiffres à la hausse
L’analyse des données des 12 dernières années indique que l’absentéisme dans la fonction publique ne doit plus être considéré en fonction de la fréquence des arrêts, mais selon leur gravité. L’année 2025 conforte cette tendance : la gravité des arrêts continue d’augmenter et entraîne une hausse du coût des absences.
Quel est le coût d’absentéisme moyen selon la nature des absences ?
| Nature d’absence | Coût moyen d’un arrêt (en €) |
|---|---|
| Maladie ordinaire | 1 643 € |
| Accident du travail | 6 270 € |
| Maladie professionnelle | 28 492 € |
| Longue maladie | 39 043 € |
| Congé de longue durée | 82 115 € |
Les arrêts de longue durée concentrent l’essentiel du coût de l’absentéisme pour les collectivités. Plus un arrêt se prolonge, plus son impact financier est élevé : un arrêt de longue durée représente en moyenne 82 115 € de coût direct, contre 39 043 € pour une longue maladie.
Parmi les arrêts liés aux accidents, les maladies professionnelles génèrent les coûts moyens les plus importants (28 492 € par arrêt), en raison de leur gravité et de leur lien direct avec l’activité professionnelle. À ces montants s’ajoutent des coûts différés, notamment les frais médicaux pouvant être pris en charge sur le long terme, y compris après la reprise ou le départ à la retraite.
Les indemnités journalières
Autre donnée importante : les indemnités journalières ont augmenté au cours des 5 dernières années pour l’ensemble des risques, en raison de l’allongement de la gravité des arrêts. La hausse est variable selon la nature de l’absence :
- + 6 € en maladie ordinaire,
- + 5 € en accident du travail,
- + 13 € en longue maladie,
- + 16 € en congé de longue durée.
Pour conclure
Le coût de l’absentéisme constitue aujourd’hui un enjeu stratégique majeur pour les employeurs publics. De manière générale, la gravité croissante des arrêts et l’avancement de carrière des agents constituent les principaux moteurs de la hausse du coût de l’absentéisme dans la fonction publique, en particulier pour les arrêts de longue durée.
Dans ce contexte, seule une approche globale, combinant analyse fine des indicateurs, prévention de l’usure professionnelle et accompagnement des parcours, permet d’agir durablement sur les causes de l’absentéisme et d’en maîtriser les impacts financiers et organisationnels.
Pour en apprendre plus sur les chiffres et les mesures préventives à mettre en place pour faire face à ces enjeux, découvrez le panorama Relyens de 2026.
